Infolge der gewalttätigen Auseinandersetzungen im östlichen Tschad startete MSF im Jahr 2006 ein Projekt im Grenzgebiet zum sudanesischen Darfur, wo die Organisation das Regionalspital von Adré führte. Das Projekt wurde im Frühling 2010 an die tschadischen Gesundheitsbehörden übergeben.
MSF unterstützt weiterhin das staatliche Gesundheitssystem mit Material und Fachkräften. Gleichzeitig konzentriert sich MSF auf die speziellen medizinischen Bedürfnisse der schwächsten Mitglieder der Gesellschaft: Frauen und Kinder. So führen die Teams etwa Impfkampagnen gegen Masern und Meningitis durch. Seit 2008 behandelt MSF Frauen mit Geburtsfisteln (Verletzungen des Geburtskanals) in der Stadt Abéché im Osten des Landes.
2010 war die Bevölkerung im Tschad mit einer schweren Ernährungskrise und dem Ausbruch verschiedener Krankheiten, einschliesslich Cholera, Meningitis und Masern konfrontiert. In der Sahelregion im westlichen Tschad litt jedes vierte Kind unter fünf Jahren an akuter Mangelernährung. MSF behandelte Tausende Kinder und errichtete ein therapeutisches Ernährungszentrum in Massakory.
Die politischen Beziehungen zwischen dem Tschad und dem Sudan haben sich 2010 durch ein binationales Abkommen über die Bereitstellung von Waffen und den Schutz vor Rebellengruppen verbessert, sporadisch wurde jedoch weiterhin über Zusammenstösse im östlichen Tschad berichtet. Mitglieder von Hilfsorganisationen wurden wiederholt Opfer von Entführungen, Diebstahl und Gewalttaten.
