Angesichts der oft schwierigen Einsatzbedingungen, unter denen MSF arbeitet, ist die in Kliniken westlicher Länder übliche Laborausrüstung oft nicht geeignet. MSF-Labors arbeiten mit Schnelltests, einfachen Mikroskopietechniken, kleinen Zentrifugen, die auf einer Arbeitsfläche Platz finden.
Nichtsdestotrotz wird aber stets eine grösstmögliche Qualität gewährleistet und mit hochwertigen Ausrüstungen und Reagenzien gearbeitet. In einigen Fällen, z.B. bei der Überwachung von HIV-Patienten, arbeitet auch MSF mit technisch anspruchsvolleren Geräten.
Grundsätzliches Ziel ist es jedoch, die für die jeweiligen Einsatzbedingungen am besten geeigneten Apparate einzusetzen. Zur Arbeit mit TB-Kulturen muss MSF ein Hochsicherheitslabor einrichten, was an vielen Einsatzorten eine grosse Herausforderung darstellt.
